A transznacionális együttműködési programok lényege, hogy az egy területi egységként értelmezhető, több országra kiterjedő térségek intézményei közösen keressenek megoldásokat az őket érintő problémákra. Magyarország 2014-től a CENTRAL EUROPE, valamint a DUNA transznacionális együttműködési programban vesz részt.

Az együttműködéseknek – a programok fenti célkitűzéséből adódóan – olyan kérdésekkel kell foglalkozniuk, amelyek esetében a közös munka hozzáadott értékkel bír ahhoz képest, mintha az adott ügyet a programban résztvevő partnerek külön-külön, nemzeti szinten kívánnák megoldani. Minthogy a projektek célja a megoldások közös keresése, de nem a megoldást jelentő intézkedések megvalósítása, a projektek leginkább tervezési, kutatási, szakmai együttműködési jellegűek, melyek indokolt esetben kisebb kivitelezési elemeket is magukban foglalhatnak. Fentiekből adódóan a programok támogatják, hogy a közös munka későbbi – már nem e programokból finanszírozott – beruházásokat indukáljon. E cél elérése érdekében az együttműködéseknek (figyelembe véve az elszámolható költségtípusok által meghatározott korlátokat) minél inkább törekedni kell a projekt-eredmények konkrétságára, további területfejlesztési akciókat, konkrét beruházásokat előkészítő jellegére.

CENTRAL EUROPE transznacionális együttműködési program 

A CENTRAL EUROPE program kilenc EU tagország, Lengyelország, Németország (nem teljes területével), Ausztria, Csehország, Szlovákia, Magyarország, Szlovénia, Olaszország (nem teljes területével) és Horvátország területére terjed ki.  

A program prioritásairól, a hozzájuk kapcsolódó intézkedésekről, pályázati lehetőségekről a program honlapján találhat bővebb információt. 

DUNA transznacionális együttműködési program 

A DUNA program tizennégy ország, Ausztria, Németország (nem teljes területével), Csehország, Szlovákia, Magyarország, Szlovénia, Horvátország, Románia, Bulgária, valamint Bosznia-Hercegovina, Moldávia, Szerbia, Montenegró, Ukrajna (nem teljes területével) területére terjed ki. A 2007-13-as időszakban a Duna régió országai a valamivel nagyobb területet magában foglaló Dél-kelet Európa programban működhettek együtt (South East Europe (SEE) programme).

A program prioritásairól, a hozzájuk kapcsolódó intézkedésekről, lehetséges projekt-tevékenységekről a program alapdokumentumában találhat bővebb információt. Az első pályázati felhívások a program elfogadását követően, 2015 őszén várhatók. További információk jelenleg az előd Dél-kelet Európa program honlapján érhetőek el.